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[정.융.탐] Entrez 모듈로 CCR5 유전자 정보 읽기 안녕하세요. 7월 정융탐을 하기 위해 돌아온 jimol입니다. 3월에 티스토리를 만들고 처음 글을 적은게 엊그제 같은데 벌써 마지막 정.융.탐을 적게 되었네요. 제가 요즘 바이오 파이썬을 배우고 있어서 배운 내용으로 프로그래밍을 하려고 합니다. 오늘 정융탐으로 변이가 없는 CCR5 유전자를 Entrez 모듈로 정보를 받아와 서열과 그 길이를 계산하는 프로그램을 만들어보도록 하겠습니다. Entrez 모듈이란? Entrez는 NCBI에서 제공하는 온라인 검색 시스템입니다. 불리언 연산자와 필드 검색을 지원하는 통합 글로벌 쿼리를 통해 알려진 거의 모든 분자 생물학 데이터베이스에 대한 액세스를 제공하는 모듈입니다. NCBI는 무엇인가? https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ National Ce..
[정.융.탐] 염기서열 콘솔 게임 만들기 hi. jimol입니당 오늘은 C언어로 콘솔 게임을 만들어보도록 하겠습니다. 그냥 콘솔게임을 만들기보다... 저의 진로인 생명과학 개념을 사용한 콘솔 게임을 만들면 좋을 것 같아 DNA, RNA 염기서열을 맞추는 게임을 만들어보려고 해요. 그전에 뉴클레오타이드(DNA, RNA)와 염기서열에 대해 알아봅시다. -DNA, RNA는 핵산의 종류로 뉴클레오타이드로 이루어진 물질입니다. 뉴클레오타이드는 당, 염기, 인산이 1:1:1로 이루어져 있으며 뉴클레오타이드가 일자로 모여 폴리뉴클레오타이드를 이룹니다. DNA의 경우 폴리뉴클레오타이드 2가닥이 역평행구조를 이루어 염기와 염기가 상보적결합을 하게돼요. DNA의 염기의 종류는 A(adenine), G(guanine), C(cytosine), T(tymine)이 ..
[정.융.탐] Michaelis-Menten 모델 프로세싱으로 구현하기 안녕하세요. I'm back!!! 6월 정융탐 과제를 하기 위해 돌아온 jimol입니다. 오늘은 효소반응속도론이 무엇인지, 효소반응속도론 모델 중 하나인 Michaelis-Menten 모델에 대해 알아본 뒤 프로세싱으로 그래프를 시각화해보도록 하겠습니다. 효소반응속도론 효소반응속도론(enzyme kinetics)은 효소에 의해 촉매되는 화학 반응의 속도를 연구하는 학문입니다. 효소는 기질의 반응을 촉진하는 단백질 분자로 효소의 활성부위에 결합하여 효소-기질 복합체 ES를 생성합니다. 이렇게 생성된 효소-기질 복합체는 효소-산물 복합체로 변환된 뒤 생성물 P로 변환되는 메커니즘을 가진다고 합니다 Michaelis-Menten 모델 Michaelis-Menten 모델(미카엘리스-멘텐 모델)은 효소 반응 속도..
[정.융.탐] 해외 이공계 체험 학습 후기 안녕하세요. jimol입니다. 오늘은 한 달 전(5월 초)에 다녀온 해외 이공계 체험 학습 기간 동안 배운 것들을 정리하는 시간을 가져보려고 해요. 15시간 비행기를 타서 도착한 타지에서 평소 한국에서 경험하지 못한 많은 것들을 경험할 수 있었습니다. 저는 미국 동부로 7박 9일간 해외 이공계체험학습을 가서 프린스턴, 하버드, MIT 총 3 곳의 해외 이공계 대학을 견학하고 특강을 듣고 왔습니다. 저는 그중 하버드에서 들은 특강이 가장 인상깊게 남아 이번 글에 그 내용을 정리해보려고 합니다. 특강을 진행해주신 교수님은 하버드 의과대학과 연계되어 있는 MGH(Massachusetts General Hospital)에서 교수로 재직 중이신 임형순 교수님이셨습니다. 이 교수님은 카이스트에서 전기전자공학부에서 ..
[정.융.탐]니들만 브니쉬(Needleman-Wunsch) 알고리즘을 이용한 염기서열 정렬 프로그래밍 안녕하세요. jimol입니다. 오늘은 니들만-브니쉬 알고리즘을 이용하여 유전자 염기서열을 정렬하는 프로그램을 만들어보려고 합니다. 그에 앞서 서열정렬(sequence alignment)과 니들만-브니쉬 알고리즘이 무엇인지 알아볼게요! 서열정렬(sequence alignment)이란? 유전자나 단백질의 서열을 다이내믹 프로그래밍 기반의 컴퓨터 스트링 정렬 알고리즘을 이용하여 배열하는 것입니다. alignment를 직역하면 '맞추다, 정렬하다, 배열하다'인데, 그 의미를 단백질의 아미노산 서열, 유전자의 염기서열에 적용시켰다고 생각하면이해하기가 쉬울 것 같아요. 니들만-브니쉬 알고리즘(Needleman–Wunsch algorithm)은 생물정보학(bioinfo)에서 단백질 또는 뉴클레오타이드 서열을 정렬하는..
[정.융.탐] Tm(melting temperature) 비교 프로그램 만들기 안녕하세요. 4월 정융탐 두번째 글을 작성하고자 돌아온 jimol입니다. 저번 주제를 지구과학 해파로 하였으니 이번 주제는 저의 진로인 생명과학과 관련지어 생각해보았어요. 오늘 주제는 바로!! Tm(melting temperature) 입니다!! 두둥 melting temperature은 Tm이라고 줄여서 말하며 'DNA 변성온도'라고도 합니다. 이번 글에서는 Tm이 무엇인지, Tm이 무엇에 영향을 받는지 알아보고 Tm을 비교하는 프로그램을 만들어보겠습니다!! 그전에 Tm이 무엇인지 더 자세히 알아보아요!! 사진 출처 : https://elearning.fondation-merieux.org/molecular-biology/chapter-1/page-2.php DNA and genomes elearnin..
[정.융.탐] 해파 속력 계산기 만들기 안녕하세요. jimol입니다. 정융탐 4월 과제를 하려고 돌아왔습니다. 시험기간에 지구과학 개념을 배우면서 기억에 남는 것들이 많았는데요. 정융탐 과제로 지구과학과 융합하여 해파의 속력을 구하는 프로그램을 만들어보려고 합니다. 해파의 속력을 계산해주는 프로그램을 만들어서.. 아주 간단히 계산해버리겠습니다. 먼저 해파의 개념을 알아보겠습니다. 해파란? 해수 표면에서 생긴 교란이 파동의 형태로 퍼져 나가면서 발생하는 물입자의 주기적인 승강 운동입니다. 사실 되게 어려워보이지만 바다에서 볼 수 있는 파도를 생각하면 쉬워요. 해파는 천해파와 심해파로 나눌 수 있어요. 천해파는 수심이 파장의 1/20 보다 얕은 바다에서 발생하는 해파를 심해파는 수심이 파장의 절반보다 깊은 바다에서 나타나는 해파를 말해요. 파장과..
[정.융.탐] 하디-바인베르크 법칙을 코딩으로 구현하기 3월 정융탐 과제 글을 작성하러 온 jimol입니다. 이번 글의 주제로 저의 관심분야인 생명과학의 진화학 중 하나로 선정하였습니다. 하디-바인베르크 법칙 잠시 하디-바인베르크 법칙에 대해 알아봅시다. 출처: https://m.blog.naver.com/PostView.naver?isHttpsRedirect=true&blogId=kdhspy007&logNo=222049732951 하디-바인베르크의 원리(=Hardy–Weinberg principle) 집단유전학이란? 하디-바인베르크 원리(=Hardy–Weinberg principle) 하디-바인베르크 원리(=... blog.naver.com 하디-바인베르크 법칙이란? "이상적인 집단 안에서, 개체군이 가지는 유전자 풀(gene pool) 안의 대립 유전자 ..

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